Criada pelo Decreto Estadual 5.970, em 26 de junho de 1935, como Secretaria da Agricultura, Indústria e Comércio do Estado, a pasta agrícola recebeu autonomia na década de 1950. Atualmente, a Secretaria de Estado da Agricultura, Pecuária e Desenvolvimento Rural é responsável por políticas públicas de auxílio institucional e técnico a produtores, além da certificação e fiscalização de diversas atividades agropastoris.

O Decreto 54.567, publicado em 17 de abril de 2019, dispõe sobre a nova estrutura básica da Secretaria da Agricultura, Pecuária e Desenvolvimento Rural (Seapdr):

Nova Estrutura Administrativa

I - Gabinete:

a) Chefia de Gabinete

b) Assessoria Institucional

c) Assessoria Jurídica

d) Assessoria Técnica

e) Assessoria de Comunicação Social

f) Subsecretaria do Parque Estadual de Exposições Assis Brasil:

1. Diretoria Administrativa

2. Diretoria de Eventos

3. Assessoria Jurídica

4. Assessoria Técnica 

II - Direção-Geral:

a) Departamento de Finanças e Execução Orçamentária:

1. Divisão de Planejamento e Acompanhamento Orçamentário

2. Divisão Financeira e Orçamentária

3. Divisão de Convênios e Prestação de Contas

4. Divisão de Gestão de Projetos e Captação de Recursos

b) Departamento de Defesa Agropecuária:

1. Divisão de Inspeção de Produtos de Origem Animal

2. Divisão de Defesa Sanitária Animal

3. Divisão de Controle e Informações Sanitárias

4. Divisão de Defesa Sanitária Vegetal

5. Divisão de Inspeção de Produtos de Origem Vegetal

6. Divisão de Insumos e Serviços Agropecuários

7. Divisão de Supervisões Regionais de Defesa Agropecuária

c) Departamento de Diagnóstico e Pesquisa Agropecuária:

1. Divisão de Pesquisa e Inovação

2. Divisão de Produção e Validação de Tecnologias

3. Divisão de Pós-Graduação em Saúde Animal

4. Divisão de Centros de Pesquisa, Diagnóstico e Serviços

d) Departamento de Agricultura Familiar e Agroindústria:

1. Divisão de Crédito e Fundos

2. Divisão de Sistemas Produtivos

3. Divisão de Educação e Qualificação Profissional

4. Divisão de Políticas para Juventude, Mulheres e Idosos

5. Divisão de Organização de Agroindústrias Familiares

6. Divisão de Comercialização e Abastecimento

e) Departamento de Cooperativismo:

1. Divisão de Fomento ao Cooperativismo;

2. Divisão de Formação e Gestão Cooperativista

f) Departamento de Desenvolvimento Agrário, Pesqueiro, Aquícola, Indígenas e Quilombolas:

1. Divisão Fundiária e de Terras Públicas

2. Divisão de Implantação e Qualificação de Assentamentos

3. Divisão da Pesca e Aquicultura

4. Divisão de Quilombolas e Indígenas

g) Departamento de Infraestrutura Rural e Usos Múltiplos da Água:

1. Divisão de Infraestrutura Rural

2. Divisão de Irrigação e Usos Múltiplos da Água

3. Divisão de Logística

h) Departamento de Políticas Agrícolas e de Desenvolvimento Rural:

1. Divisão de Economia e Política Agrícola

2. Divisão de Câmaras Setoriais

3. Divisão de Barragens Públicas para Irrigação Agrícola

4. Divisão de Agronegócio e Relações Internacionais

i) Departamento Administrativo:

1 .Divisão de Gestão de Pessoas

2. Divisão de Tecnologia de Informação e Comunicação

3. Divisão de Patrimônio

4. Divisão de Transportes

5. Divisão de Compras Material e Contratos

6. Divisão de Serviços Complementares

7. Divisão de Administração e Manutenção de Imóveis

j) Coordenadorias Regionais

Vinculadas

Hoje, a Secretaria da Agricultura mantém como instituições vinculadas as Centrais de Abastecimento do Rio Grande do Sul (Ceasa), uma autarquia, o Instituto Rio Grandense do Arroz (Irga), e uma empresa, a Associação Riograndense de Empreendimentos de Assistência Técnica e Extensão Rural (Emater), que opera em conjunto com a Associação Sulina de Crédito e Assistência Rural (Ascar).